1950年，东北航海学院航务管理系创设“航务管理”专业，为我校管理类专业二源之一。

   1952年，武汉河运学院航运系创设“水运管理”专业，为我校管理类专业二源之一。

   1953年，东北航海学院合并为大连海运学院，设海运管理系。

   1956年，武汉河运学院航运系创办水运经济组织与管理五年制本科专业，此为我校经济类专业之源流。

　1957年，武汉河运学院更名为武汉水运工程学院，航运系设立远洋运输业务专业。

　1958年，武汉水运工程学院水运管理专业和水运经济与组织专业合并为“水运经济与管理”专业。

　1959年，武汉水运工程学院水运经济系、水运管理系成立，设“水运经济与组织”、“远洋运输业务”、“水运管理”、“河船驾驶”专业。

　1960年，上海海运学院数理力学（转财会）专业入学，此为我校财会类专业之源流。

　1962年，上海海运学院新增交通财务会计专业，时为上海地区仅有的两个财会类本科专业之一。

　1963年，交通部高校专业调整，武汉水运工程学院、大连海运学院经济管理类专业，整体并入上海海运学院，组建成立新的水运经系、水运管理系、远洋运输系。设置水运技术管理、水运经济与组织专业、交通财务会计、远洋运输业务专业。

　1965年，运洋运输业务专业从水运经济系分出设立远洋运输业务系。

　1966年，受“文革”影响，停止招生。

　1978年，水运经济管理、水运财务会计两个本科专业恢复，招收4年制本科生，隶属于远洋运输业务系。

　1979年，水运经济管理专业名称改为水运经济专业。

　1980年，水运管理系复建，下设水运管理、水运经济、水运财务会计专业。

　1983年，经国务院批准，学校接受联合国亚太经社会（ESCAP）援助，举办“航运经济管理”师资研究生班，学制3年，成为我国改革开放后研究生培养最早的国际合作项目之一，也是交通系统高等教育对外开放的首次尝试。

　1984年，接受联合国亚洲太平洋经济社会会（ESCAP）援助，开办航运管理工程本科班，学制5年。

　1986年，根据教育部统一整理调整的专业名称，水运经济专业更名为技术经济专业；运输经济学专业获得硕士学位授予权。

　1987年，水运经济系复建，下设技术经济、水运财会两本科专业。

　1989年，技术经济专业、水运财会专业更名为“运输经济学”和“涉外会计学”本科专业。

　1991年，水运经济系、水运管理系、国际航运系组建管理学院。

　1993年，新增交通运输管理（国际企业管理）、国际贸易本科专业；新增旅游管理、会计学(涉外会计)专科专业，学制3年。

　1993年，水运经济系更名为国际经济贸易系。

　1994年，新增国际金融本科专业。

　1994年，财务与会计学系建立。

　1995年，新增审计学、国际会计本科专业。

　1996年，与荷兰马斯特里赫特管理学院举办工商管理硕士(MBA)班，获得中外合作办学MBA学位授予权，开中国交通类院校MBA教育先河。

　1996年，运输经济学学科获得交通部重点学科；获批会计学、企业管理、管理科学和工程硕士学位授予权。

　1997年，新增国际集装箱运输管理、旅游管理本科专业；获得全国第三批工商管理（MBA）学位授予权，时为全国可授予MBA学位的56个试点学校之一。

　1997年，成立旅游管理系，与管理系合署办公

　1998年，新增保险学本科专业；获企业管理、国际贸易硕士学位授予权。

　1999年，教育部专业目录调整，运输经济学更名为经济学专业，国际贸易更名为国际经济与贸易专业，国际金融更名为金融学专业，国际企业管理更名为工商管理专业。审计学、保险学、国际集装箱运输管理本科专业方向停办。

　2000年，新增行政管理本科专业（2008年分出组建文理学院）；获技术经济与管理硕士学位授予权。

　2001年，新增国际经济贸易（电子商务）本科专业。

　2001年，管理学院一分为二，成立“经济管理学院”。

　2002年，新增财务管理本科专业；获国内首批高级工商管理硕士学位（EMBA）授予权；管理科学与工程 、运输系统管理与工程经济 等两个学科获得上海一流学科（B类）资格。

　2002年，工商管理、旅游管理专业组建工商管理系，经济管理学院共设国际经济贸易系、财务与会计学系、工商管理系三系。

　2003年，新增管理科学与工程本科专业。

　2004年，获批项目管理（ME）工程硕士专业学位授予权。

　2005年，中荷MBA教育项目通过国际三大MBA教育认证机构之一AMBA协会的评估认证。

　2006年，新增电子商务专业；获批管理科学与工程（一级学科）硕士学位授予权。

　2007年，获批交通运输工程经济与管理二级学科博士点。

　2007年，经济管理学院再次进行学科与专业资源整合，设置物流经济系、国际经济贸易系、财务与会计学系、工商与旅游管理系、管理科学系。

　2009年，新增会计学（ACCA）本科专业。

　2009年，经济管理学院申报的创新研究基地被批准为“上海航运中心建设”研究方向的“上海市社会科学创新研究基地”、“上海发展战略研究所工作室”。　

   2010年，获批国内首批工程管理硕士（MEM）授予权。

　2011年，获批管理科学与工程一级学科博士点；获批财务管理、旅游管理硕士学位授予权。

　2012年，管理科学与工程 、运输系统管理与工程经济两个学科获得上海一流学科（B类）资格。

　2014年，经济管理学院成为AACSB（国际精英商学院协会）会员；获批应用统计硕士专业学位授予权。

　2015年，管理科学与工程（物流工程与管理）入选上海市高峰高原学科。

   2016年，会计学专业获得澳洲会计师公会（CPA Australia）学位认证。

　2017年，工程管理硕士（MEM）专业成为首批 25 家国际项目经理（IPMP） 人才培养基地。

　2018年，获批应用经济学获批一级学科硕士点，会计硕士专业学位（MPAcc）授予权。

　2019年，新增供应链管理本科专业。
          2020年，经济学、管理科学两专业入选国家级一流本科专业建设点。

   2021年，物流经济系更名为物流经济与统计系，国际经济与贸易系更名为国际贸易与金融系。

   2022年，会计学专业入选国家级一流本科专业建设点，工商管理专业入选上海市一流本科专业建设点。

   2023年，经济管理学院通过AACSB国际认证，成为中国涉海类高校中首个通过AACSB认证的商科学院。